Проблемы с пищеварением

Здравствуйте. Простите за много текста, но хочется описать проблему полностью. Примерно с 3х недельного возраста у ребёнка разжижился и позеленел стул, появилась слизь, появились обильные срыгиваниями. Сдали копрограмму-повышены лейкоциты. Педиатр назначил бифиформ. Пропили, изменилось только то что стул пожелтел и лейкоциты пришли в норму и все. Только перестали пить бифиформ, стул снова начал зеленеть, педиатр сказал пить линекс. Ребёнок постоянно кричал, дёргал ножками, дуло живот и практически не спал. В месяц на взвешивании показал прибавку всего 500 г. К 1,5 месяцам по определённым причинам у меня пропало молоко, пришлось вводить смесь. Выбрали нан оптипро. Ребёнок начал спать, стул погустел, но в нем по-прежнему оставалась слизь, появились непереваренные комки молока и остались обильные срыгивания. Кормила по часам, и всегда ел меньше нормы. Поговорив с педиатром решили попробовать просто сменить смесь. Попробовав 2 других марки, ничего не изменилось. К обычной смеси добавляли по 30 мл антирефлюксной, все без толку. Решили попробовать смесь комфорт нутрилон. Срыгивания ушли, но стул стал черно-зелёным так же со слизью, и ребёнка мучали сильные газы. На тот момент нам было уже 5 мес, прикорм еще не вводили. Педиатр посоветовала сдать анализ на углеводы. Он показал результат 0,2 - 0,4. Врач сказал переходить на безлактозную смесь. Перейдя на неё к ребёнку снова вернулись срыгивания, но спустя 2 недели они стали уменьшаться, а стул был от случая к случаю, то идеальная кашка, то одна слизь и непереваренные комки. К этому времени мы попадаем наконец на приём к гастроэнтерологу, осмотрев ребёнка и выслушав все наши проблемы он сказал возвращаться к нутрилон комфорт(на нем же срыгивания ушли, а стул нормализуется мол со временем), если станет хуже то переходить на пепти гастро и вводить безмолочной прикорм,пропить биогайю. Я не стала мучить ребенка, сразу перевела на пепти гастро, давала биогайю, и спустя 2 недели начала вводить прикорм. По итогу ребёнок как срыгивал так и срыгивает, стул с прикормом начал учащаться до 3х раз в сутки, прикорм переваривался плохо. Сделали УЗИ желудка: рефлюкс. Сдавали кал на упф 2 раза, в первый раз в 7 месяцев были клебсиелла и цитобактор, прописали бак сет, после в 7,5 месяцев их уже не было, была какая то другая бактерия, педиатр прописал хилак форте. В 8 месяцев ребёнок подхватил ОРЗ, с высокой температурой. Во время болезни у ребёнка появилась сильная сыпь на теле, руки, ноги и лицо были чистые. Прошла температура, прошла и сыпь, но с тех пор у ребёнка переодически появляется сыпь на теле в виде разбросаных крысных мелких точек.  Ребёнка она не беспокоит и не чешется, кожа не сухая. Проходит она так же внезапно как и появляется. Дерматолог даже толком не осматривая поставила нам атопические дерматит, прописала диету. Переодически сдавая капрологию постоянно показывало в кале много неперевареваемой и перевариваемой клетчатки. Стул был по 6 раз в день и по стулу можно было понять что ребёнок ел. В 8 мес педиатр назначила пропить мотилиум, омез, и микрозим 14 дней. Улучшений не было. Поменяли смесь на семилак алиментум. И вот, сейчас ребёнку 11 мес, стул 3-4 раз в сутки все так же непереваренной едой от жёлтого до коричневого цвета, иногда и будто чёрный, ребёнок на безмолочной и безглютеновой диете с 8,5месяцев. Срыгиваний практически нет, но все же переодически бывают. Всю еду готовлю сама. Смесь едим один раз в день, на ночь, а так в рационе каши, супы, в общем обычная еда. Живот мягкий, не дует, много газов, но они отходят свободно.  Сыпи нет. Но ребёнок бывает вялый переодически, постоянно какой то беспокойный. Аппетит отменный, выдерживает не более 3,5 часов и ещё перекус между едой фруктами или грызёт рисовые хлебцы. Родились весом 3300 и 53 см, а сейчас 9400 и 76 см. У ребёнка одна почка, об этом было известно ещё во время беременности. Есть компенсированная гидроцефалия, но были у нескольких неврологов, говорят срыгивания точно не по их части. Недавно пропили курс креона и аципол. После Сдали анализы, кровь биохимия в норме, моча хорошая, а вот кал стал ещё хуже. Капрология: мягкий, коричневый, оформленный, мыла ++, слизь ++, неперевариваемая клетчатка ++++, перевариваемая клетчатка +++, бактерии - сплош, лейкоциты 2-3. В пк уже просто не знают что с нами делать. Дали анализ на дисбактериоз. И на днях сделаем УЗИ брюшной полости. Поэтому и обращаюсь к вам, что нам делать дальше? Есть ли смысл держать диету? Как бороться с бактериями и как улучшить микрофлору? Что нам вообще делать с нашим пищеварением? Очень надеюсь на вашу помощь.