Дисбактериоз 2 степени у ребенка в 5-6 месяцев

Здравствуйте. С самого рождения у сына появились высыпания на коже, в роддоме сказали что это токсическая эритема и само пройдет. Но уже к 3х недельному возрасту стало понятно что не пройдет, высыпания слились в единое пятно-корку. Мы вызвали платного врача, она сказала что у нас аллергия на коровий белок и лактозная недостаточность (на основании ОАК и копрограммы), посадила на диету - Нутрилон Пепти Гастро. Сыну стало лучше, до 4 месяцев высыпания пропали, но в 4 месяца снова появились. Нас перевели на Нутрилон Аминокислоты. Незначительное улучшение, и снова высыпания и корка. По своей инициативе сделали анализ на дисбактериоз в 5 мес. В результате все в норме, кроме: Лактобактерии 10^8 (норма 10^6-10^7), E.coli типичные 10^5(норма 10^7-10^8), E.coli гемолитические 10^8 (в норме отсутствуют), Klebsiella sp. 10^7 (норма до 10^4), Стафиликокк золотистый 10^7 (в норме отсутствует). К фагам восприимчив только стафиликокк. Педиатр ничего не смогла сказать на этот счет, сказала смотреть на динамику. Но может можете что-то посоветовать? Нам уже 6 мес, малыш стал очень плохо спать, отказывается от еды (в день съедает до 600 мл), у него зелено-серый жидкий стул (настолько жидкий что все в памперс впитывается); бледный, мешки под глазами. Может быть нам попробовать другое питание? Или еще какие-то анализы сдать? Может у нас и вовсе не аллергия и нет никакой лактозной недостаточности, а это все патогенные бактерии? Помогите, пожалуйста.