Дисбактериоз у грудного ребенка

Добрый день! Прошу помочь в вопросе про дисбактериоз. Нам 4 месяца, полностью на ГВ. Родились мы недоношенные, на 36 неделе. Была пневмония, лежали в патологии, было долгое лечение антибиотиками, пропили курс бифиформа и лактобактерина. После выписки, через месяц после рождения, начались проблемы со стулом. В туалет ходим периодически 4-5 раз в сутки, но вот кал беспокоит - стал зеленоватым (практически всегда), появилась слизь. Срыгивает иногда больше нормы, но у нас по узи брюшной полости диагноз - ГЭР, как мне объяснили причина в этом. У ребенка повышенное газообразование, кряхтит и тужится, последнее время стал очень плохо спать, истерики, по всем признакам болит животик. В весе хорошо набираем, весим сейчас 7800 кг. Но тем не менее, сдали кал на дисбактериоз - стафилоккок золотистый 10 в 4 и клебсиелла 10 в 7. Все остальные показатели в норме. Ходили к очень хорошему врачу и он сказал что не нужно это лечить, отправил нас на капрограмму + кал на углеводы. Возникло два вопроса: 1-ый действительно не нужно лечить стафилококк и клебсиеллу? 2-ой что может быть причиной такого плохого стула и какие еще анализы сдать? Я полностью доверяю этому врачу, но возникли сомнения, по причине того, что инфекционисты в нашей поликлинике это лечат, причем поголовно и одними и теми же препаратами. Заранее благодарна.