Как подтвердить есть ли болезни чтоб не лечить для подстраховки малыша

Добрый день. Простите, если излагаю путано. У нас появились проблемы с малышом.Мы на ив с рождения (не брал грудь). Малыш родился крупный 4300, в срок,при родах долго не могла вытолкать головку, поэтому было кислородное голодание малыша.По апгар 7/8. Начиная со 2-го месяца у малыша были очень частые и обильные срыгивания, стул 1 раз в сутки серо-зеленого цвета ( я по глупости считала, что это норма). Нейросонография в 2,5 мес показала кисту и повышенное внутричерепное давление. Педиатр списывала срыгивание на это. Витамин д нам сказали не принимать, якобы итак быстро закрывается родничок. В итоге нам сейчас 5 месяцев и произошёл большой и резкий сбой в жкт. Молоко не переваривалось вовсе, а вместе со слизью выходило тут же как жидким стулом (7 раз в день), так и рвотой. Смесь не меняли. Анализ кала не подтвердил кишечную инфекцию, но подтвердил воспаление в кишечнике ++++. Так же обнаружила у ребёнка на затылке мягкое место, на ощупь похожее на родничок, затылок стал плосковатым. Во сне (только по ночам) малыш крутит головой, потеют ножки. Сам ребёнок всё это время чувствует себя хорошо, развивается по норме, невролог не видит отклонений в физ развитии, гипертонус для лечения массажем не обнаружен. По части жкт тоже всё наладилось и прошло срыгивание, но боюсь что ещё действие лекарств не закончилось и это временное улучшение.Скажите, пожалуйста какие подробные анализы нам нужно собрать по части жкт для обнаружения проблемы и к какому узкому специалисту с ними обратиться. Так же как можно подтвердить заболевание рахитом? Существуют ли анализы на эту болезнь или всё на усмотрение педиатра только?