Наука и практика, , Батенька, да вы трансформер

Я пересаживаю кал людям. Анонимный рассказ специалиста по биоинформатике

Как меняет твою жизнь, оптику и чувство нормы работа в лаборатории, где уже много лет изучают бактерии и вирусы, обитающие исключительно в испражнениях? Что такое «микробная темная материя», как она связана с облысением и медвежьей слюной — и другие детали неожиданного ландшафта, через который пролегает передовая микробиологического знания. Публикуем анонимный рассказ специалиста по биоинформатике из одного российского НИИ.

Говорят, когда-то в нашей лаборатории был заведующий. Он всех принуждал к ведению ежедневного блога, запрещал микроволновки и медитировал в специально отведенной для этого комнате. Я его никогда не видела. Когда пришла, все уже так и было: заведующий становился мифом, а лаборатория постепенно впадала в анархо-коммунистическое блаженство.

Коллегам из других лабораторий и институтов часто бывает сложно поверить, что нам удается жить и выживать без заведующего, поэтому мы придумали воображаемого заведующего и расклеиваем по этажу приказы от его имени за подписью «зав. лабораторией биоинформатики к. б. н. А. П. Жиром». Функцию неформальных лидеров выполняют Саня, Саня и Саня. Поскольку в лаборатории работают еще двое Сань, было решено, что вот были митьки, а мы все будем саньки. Саньки-биоинформатики из Института *****.

В остальном НИИ нас считают немного панками. Раньше мы ходили курить трубку во внутренний дворик института. Неподалеку была помойка, куда из института выкидывали всякие лабораторные ништяки: огромные деревянные ящики из-под секвенатора, доисторические приборы, цветные стеклышки и провода, советскую посуду. Мы с энтузиазмом в этом копались и поднимали самые интересные артефакты к себе на пятый этаж. Это все прекрасно было видно из окон других лабораторий. Кажется, последними мы приволокли кленовые пни, оставленные рабочими во дворике. Было тяжело, но теперь нам есть на чем сидеть.

Темноватая магия

Это не единственный — подчеркиваю: далеко не единственный! — аспект нашей деятельности, но мы действительно пересаживаем кал. Вообще его в нашем НИИ изучают во всех проявлениях: размазывают, замораживают и секвенируют. А также пересаживают от человека к человеку.

Делается это либо:
а) гастроскопом в жидком виде через рот;
б) колоноскопом с другой стороны;
в) более приятно, но менее эффективно — в кристаллическом виде в капсулах. Запаха совсем нет, и с виду похоже на карамель.

Процедура эта используется для лечения тяжелых кишечных болезней, и мы не сами ее придумали. Эффект настолько волшебный, что за границей ее начинают использовать как панацею от всего. Видела статьи, как более-менее успешно таким образом лечили аутизм и облысение — и бог знает что еще, наверное, пытались.

Как бы это ни прозвучало, между аутизмом и бактериями в кишечнике действительно есть связь, хоть и не до конца понимаемая пока. Да и облысение имеется в виду не простое, а аутоиммунное: это когда лимфоциты решают, что волосяные луковицы — вредные посторонние объекты, которые подлежат уничтожению. Бактерии из чужого тела, видимо, вправляют мозги слегка поехавшей иммунной системе, напоминая, где свои, а где чужие.

Это все работает как магия, потому что никто на свете не может доподлинно разобраться, как и за счет чего. Собственно, наша задача в том и состоит, чтобы эту загадку разрешить, иначе врачи справились бы и без нас. Мы секвенируем и смотрим, какие микробы были в кишечнике до, а какие появились после пересадки кала; какие пришли от донора, а какие появились, казалось бы, из ниоткуда. И нам до сих пор ни черта не понятно.

Неизвестная бактерия № 6538

Дело в том, что в микробиологии есть своя так называемая микробная темная материя. Это бактерии и вирусы, которых никто никогда не видел, но которые реально живут и у человека в жопе, и у кошки, и под камнем в пустыне, и в кислотных шахтах, и в океане, и чего-то там все они делают. Но что именно — непонятно, потому что они по разным причинам не поддаются культивации в лабораторных условиях. Это не вполне очевидно, но далеко не все бактерии могут выжить и размножиться в чашке Петри, а значит, привычным методом изучать и описывать их почти невозможно.

Пока ученые совсем недавно не додумались просто тыкать пипеткой куда попало и секвенировать все подряд, о масштабе этой проблемы даже и не было известно как следует. Это особенно верно в случае вирусов, так как бактерий более или менее описали, пусть и в стиле «неизвестная бактерия номер 6538, которую мы нашли в муравейнике». А в случае с вирусами мы дай бог если с пятью процентами знакомы. И вот единственное, что мы видим, — это как от донора к пациенту иногда переходит какая-то Неизвестная Штука и остается там. Что именно это за бактерии или вирусы, мы не знаем.

Давняя тема работы нашей лаборатории — выяснять, связано ли нечто (например, какая-то болезнь) с составом бактерий в кишечнике. Иные зарубежные коллеги уже без стеснений связали их с настроением и темпераментом, но и у нас не сдаются и ищут новые закономерности.

Помимо кишечной микрофлоры, я изучаю микрофлору вагинальную. И у нас как-то сами собой зарождались шутки о том, что ее тоже пора пересаживать — для профилактики и общего оздоровления. Не так давно я случайно увидела такую работу: люди пересаживали микробиоту влагалища от морских свинок к морским свинкам и сообщали о замечательном эффекте и перспективности перенесения этого опыта и на человека.

На днях мне пришла в голову идея посмотреть, как изменяются бактерии при разложении трупа. Мысль эта привела в крайнее воодушевление: я озвучивала ее на кухне, стоя на том самом пне, что мы притащили с помойки, и размахивала руками. Вечером того же дня выяснилось, что это уже сделали, но совсем недавно, и опубликовали про результаты эксперимента статью в Science.

Ликующая микробиота

Я донор. Даже значусь как «донор номер один». Не знаю, по порядку или по важности, но лестно. Потому как я охренительно здоровый человек, и материал мой якобы ценнейший и уже спас с десяток пациентов. Своеобразные ощущения принес опыт одновременного «донорства» с мальчиком: находиться фактически в одной комнате и получать комплименты медсестер и — о ужас! — ассистирующих коллег по поводу качества «материала». Сначала хотелось провалиться сквозь землю, но потом ничего, привыкла.

В этом году я, однако, занялась вегетарианством на грани сыроедения — отчасти для поиска новых ощущений в воздержании, отчасти из экспериментаторского азарта: как же изменятся мои бактерии? Стану ли я лучшим донором? Сверхдонором? Может быть, я заполучу сверхмикробиоту? Когда пришли анализы, меня вкрадчиво спросили, что случилось в моей жизни, потому что к донорству я была более не годна. Пообещав больше так не делать, я перешла на обычную диету, но тщетно: материал по-прежнему содержит условно-патогенные бактерии. Мой случай обсуждали недавно на конференции — на заседании по пересадке кала. Другие исследователи делились опытом: у них с вегетарианцами тоже выходило не очень, поэтому постановили их в доноры больше не брать.

Для всего, чем мы занимаемся, нам нужны хорошие контроли: случайные образцы извне лаборатории, не подвергавшиеся изменениям со стороны исследователей. Недавно они понадобились очень срочно, и мы с коллегой пошли по всему НИИ, протягивая людям (в том числе незнакомым) баночки и прося их немедленно наполнить. Кто-то краснел, бледнел и наотрез отказывался, кто-то сдавал только после долгих уговоров, заматывая образец в фольгу или в лабораторные перчатки, а кому-то было интересно, и презентовал он нам банку без смущения и с гордостью. Храним мы образцы в морозильнике, потом один парень отвозит их в сумке-холодильнике в специальное хранилище, а по пути обратно в ней же привозит пивас.

Зная, что мне своего биоматериала не жалко — ни для донорства, ни для контролей в других экспериментах, с год назад так же с баночкой подошли и ко мне. Я спросила: а для чего? Сказали, будут поливать это все слюной медведя (!) и смотреть, не изменилось ли что-то. «Потрясающе!» — подумала я и наполнила баночку: мне не жалко. А сейчас смотрю: новый антибиотик они там нашли, в этой слюне. И как-то приятно свой вклад в будущее осознавать.

Обнаружили ошибку? Выделите ее и нажмите Ctrl+Enter.
Zmeya
Ну вот, и до капрофагов добрались.
СсылкаПожаловаться
Zmeya
В ответ на комментарий от Zmeya
Zmeya
Ну вот, и до капрофагов добрались.
СсылкаПожаловаться
Через "о", простите, позже погуглила правописание.
СсылкаПожаловаться
Денис Александрович
Куда обратиться? Где этот НИИ???
СсылкаПожаловаться
Чтобы оставить комментарий, вам нужно авторизоваться.